近几年来,随着精准医学概念的推进,基因检测技术当下备受人们的推崇,它就像给人体做了一个详细的说明书。然而,由于做基因检测的实验室繁多,关于基因突变的重新分类并没有一套完整的系统或规范,不同实验室对突变的术语命名体系也不同,基因检测领域内部还存在不少问题。
日前,美国《纽约时报》对该话题进行了深入的研究和报道。
报道称,基因检测出来的结果看似是一锤定音——基因存在突变或不存在,该突变会增加某疾病风险,或不增加。但事实上,这些发现并非看上去的那样简单直接,结果也可能会对病患们造成严重影响。
▲基因检测在当下备受人们的推崇 图据美国全国公共广播电台
虽然一个人的基因组不会怎么变化,但研究中和疾病相关的某个DNA片段很多都处于不断变化之中。基因学家和基因测试实验室不断地收到新信息,使得其可以对基因突变进行重新评估和分类。
因此,今天看起来可能为良性的突变,明天有可能就会变得十分凶险,反之亦然。但目前还没有一种好的方式令医生和病患获得更新后的消息。
这造成的结果便是:你几年前测试过的基因,如今可能已完全变成另外一个结果。当然,这样的问题只影响少数病人,其中大多数有不寻常的基因突变。更为常见的导致疾病的突变——比如那些会预测你可能患乳腺癌或结肠癌的突变——已经被深入地研究过,因此它们的含义通常不需要再质疑。
实验报告只是一次性结果
据美国《纽约时报》报道,在最近的一项研究中,一家诊断性公司Myriad遗传学公司的研究人员,对过去2006年至2016年间曾做过基因测试的145万病人的数据进行了重新评估,以查看这些原始报告中的结果是否属实。
实验室对其中的6万名患者发布了新的基因测试报告,这意味着旧版结果已经完全被新数据所取代。但携带有被重新分类的突变基因的许多病患,仍被蒙在鼓里。美国贝勒医学院的临床遗传专家莎伦·普隆医生说道,“这个系统完全是一片混乱。”她说,现在根本没有一套成系统的方式可以告知病人和医生,以前被认为无害的突变如今已经显示出有健康危害,或者以前人们认为危险的突变现在证实其实是良性的。
“部分实验室报告的只是一次性的结果。”得克萨斯州西南医学中心癌症遗传学项目主任罗斯医生(Theodora Ross)说道,“他们不会再去重新评估10年前的测试结果解释方式,除非医生们要求。”但医生们几乎不会过问,她补充说。
正常情况下,医生会要求有严重家族病史的人进行基因测试,比如心脏病、中风或癌症。病人血液或唾液样本会被送到实验室,其DNA会被扫描是否存在异常突变。
实验室会将这些突变与此前科学研究中所显示的可能导致疾病的突变进行对比。有些病人会被告知,他们的突变没有多大意义。有些病人则会被告知,某个可疑基因存在“释义原因不明的变种”,这意味着没人知道该怎么办。
还有部分病人出现看似危险的基因突变,意味着有很高风险可能患癌、心脏病或其他疾病。对这些病人来说,这样的结果意味着需要定期检测,会改变生活的一系列决定,包括是否生育等。
▲目前并没有一套系统可以告知人们,某个基因突变是否被重新分类 图据Getty Images
混乱的体系 ,各实验室间难以调和
联邦政府提供资金支持建立的数据库ClinVar,可以让实验室之间分享基因突变数据,以及他们认为这些突变的意义。但部分公司,比如Myriad,虽然储存了关于基因突变的海量数据,却并没有向ClinVar分享。
而即便是DNA变异的术语,也没有被广泛统一和分享。不同实验室有着不同的命名体系。比如,ClinVar用这种方式表达其中一个DNA的变异:NM_004004.5(GJB2):c.101T>C (p.Met34Thr),而另外一家实验室则是这样表达:c.101T>C, p.Met34Thr, GJB2。麻省综合医院博德研究所的临床遗传学家Heidi Rehm说道,病人自己搜索信息时“会不知道在ClinVar里输入何种关键词”。
除了术语问题外,罗斯医生称,实验室之间也存在不可调和的问题。比如,当一家大型实验室“报告了一种基因突变的重新分类方式,而其他实验室却还没有,你的家庭成员们在不同实验室做了检测,那么对同一个病人的数据就会出现不同的解读。”罗斯说道,“我们该如何解决?又该如何告知病人呢?”
像Myriad这样的实验室,往往会在突变基因信息被重新分类后通知医生。但即便这样,医生也可能不会联系和通知其病人。“我几年内换了几个工作地点,而且有些病人已经搬走了,”普隆医生说,“比如有些病人已经不在休斯顿住了,但我却收到了他们更新后的医院报告,我也不知道这些病人现在住在哪里。”
部分遗传学家称,需要得知更新后结果的病人往往是基因突变十分罕见的患者。他们不得不每年联系医生,询问该突变的基因是否重新分类过,以及意味着什么。
突变信息的重新分类 ,让他有更多打算
突变信息的重新分类,并非总是好消息。
达拉斯儿童医疗中心高级诊断实验室临床主任詹森·帕克博士称,他曾告诉过一些患有严重癫痫儿童的父母,原本被认为是致病原因的基因突变其实是一种良性变化。
重新分类可能并不会改变治疗,因为即便找到了被认为是导致严重癫痫的突变,往往也没有具体的治疗方式。但父母们认为,知道病因总归比不知道好。“对这些家庭来说,这可能是很大的一个社会问题。”帕克博士说,“人们为某个特定基因而聚到一起,形成支援小组。但现在他们不再属于那个群体。”
但对居住在得克萨斯州的61岁消防员瑞克·盖瑞森这样的人来说,突变的重新分类可谓是一根救命稻草。
几年前,他因为鼻子上长了一个疣而去看病,但一家病理实验室在检查该组织后注意到,他体内和林奇综合征(Lynch syndrome)相关的蛋白质出现异常变化,这种情况会导致多种癌症的发生率陡增。他后来去罗斯博士及其遗传学团队那看病,后者将其血液样本送去做林奇基因突变检查。结果是:盖瑞森的基因存在“释义原因不明的变种”,而他的诊断也令人困惑:“类似林奇综合征。”这意味着他得的有可能是这种病,也有可能不是。
▲61岁的消防员瑞克·盖瑞森 图据《纽约时报》
医生建议称,他应当每年都做结肠镜检查、内窥镜检查以及全身皮肤检查。但因为他的这种突变并非确定与林奇综合征有关,因此他的家人——他有5个孩子,都不用去做检测以查看自己是否遗传该疾病。
然而今年6月,实验室再次联系罗斯医生,告知盖瑞森的这种突变不再被划分为“释义原因不明的变异”,对其他病人的研究证实,该突变的确和林奇综合征有关。一切都变了,他的孩子及直系亲属也必须做基因检测,他该被定期监测各种癌症迹象。他原本计划明年退休,但计划必须变了,因为他担心自己若罹患得林奇综合征,健康保险成本太高。他会继续做好这份有保险的消防工作,等到65岁再退休,届时可拿到美国国家老年人医疗保险。
“我或许最终还是会因为癌症而死。”盖瑞森说,“但因为这些检测,我可能还能多活几年。”